Тоже сталкивался с подобной проблемой.
Насколько я понял это особенность работы загрузчика BootMGR в Windows 8. В Win 7 BootMGR грузит то, что записано на флешке, а в Windows 8 передает загрузку на HDD.
Что в этом случае можно сделать:
из под загруженной Windows 8 отключаем загрузчик Win8 и меняем его на стандартный:
bcdedit /set {current} bootmenupolicy legacy
После этого флешки начинают грузится