Дело в том, что на ряд системных файла в винде ставятся специальные права на уровне файловой системы NTFS. Вам нужно стать владельцем данных файлов (с наследованием), а затем назначить права на каталог (тоже с наследованием), после чего все спокойно удалять.
1. Встаете на нужную папку -> Свойства ->Security->Advanced-> вкладка Owner->Edit->Выбираете пользователя, которого нужно сделать владельцем каталога, отмечаете галку "Replace owner on subcontainers and objects" - Ok-Ok-OK
2. После того, как вы стали владельцем каталога и всех вложенных - можно раздавать права на папки.
Опять папка -> Свойства ->Security->Advanced->на вкладке Permission нажмите кнопку Change Permission - удалите всех кроме System и Administators, добавьте себя (Full Control), отметьте галку "replace all child permission with inheritable permissions from this object"(Унаследовать разрешения вглубь) и опять Ok-Ok-OK.
После того, как все применится - можете делать с папкой все, что угодно.
