У нас, видимо разные версии plink. В общем, это несущественно.
Все таки выложите строку запуска и настройки в конфигурационных файлах в разделе VMWARE_FROM_WINDOWS (mksbackup.ini) и ghettoVCB.conf
Такое ощущение, что где-то в конфигах есть ошибка.
Вот мой лог запуска (заметьте, у некоторых строк даже параметры запуска отличаются)
2014-01-23 15:16:53 INF start version=1.0.4 cmd=['mksbackup.exe', '-v', '-c', 'C:\\Magik\\mksbackup.ini', 'backup', 'VMWARE_FROM_WINDOWS']
2014-01-23 15:16:55 INF cmd_line=cd "/tmp/vmware" ; ./"ghettoVCB.sh" -d debug -c "/tmp/vmware" -f "/tmp/vmware/include_vm" -g "/tmp/vmware/ghettoVCB.conf" ; echo exit_code=$?
2014-01-23 15:16:55 INF scp_cmd=pscp.exe -scp -P 22 -q -batch -pw ******** root@10.х.х.х:%source% %destination%
2014-01-23 15:16:55 INF No errors in section: VMWARE_FROM_WINDOWS
2014-01-23 15:16:55 INF start command=backup job=VMWARE_FROM_WINDOWS archiver=ghettovcb
2014-01-23 15:16:55 INF ghettoVCB.sh version is: 2012_12_17_0mksbackup nfs_wait=True
2014-01-23 15:16:56 INF start: cd "/tmp/vmware" ; ./"ghettoVCB.sh" -d debug -c "/tmp/vmware" -f "/tmp/vmware/include_vm" -g "/tmp/vmware/ghettoVCB.conf" ; echo exit_code=$?
2014-01-23 15:18:02 INF start download from .........................