Ок, вы правы, заведем для вопросов по vmware отдельный подраздел.
Касательно ваших вопросов, проясните сначала в какой конфигурации вы сейчас работаете.
Это отдельно стоящий ESXi или все таки ферма с VMware vCenter?
Файлы виртуальных машин хранятся на локальных дисках или на внешнем хранилище или СХД?
1. По поводу бэкапа конфигурации хостового сервера ESXi особо не парюсь - т.к. его установка занимает несколько минут, и в ферме с типовыми серверами его настройка к стандартному виду проводится простым применением нужного профиля из Host Profiles
2. Чем конкретно вас не устраивает бэкап средствами самого ESXi ?
3. Вообще-то файлы конфигураций виртуальной машины и ее диски лежат обычно в одном каталоге.. Или я не понял ваш вопрос
4. Насчет команды добавления VM через CLI - не знаю, просто не сталкивался. Обычно добавляю виртуальные машины с помощью функции Add to inventory (контекстное меню у vm[ файла конфигурации) при просмотре содержимого Datastor-а